Управління Головного Каховського магістрального каналу є бюджетною неприбутковою організацією, яка утворена та зареєстрована в порядку, визначеному законом і належить до сфери управління Державного агентства водних ресурсів України, має самостійний баланс, відкриті рахунки в Управлінні Державної казначейської служби України у Каховському районі Херсонської області.

Управління Головного Каховського магістрального каналу входить до Переліку об'єктів державної власності, що мають стратегічне значення для економіки і безпеки держави, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 4 березня 2015 р. № 83 «Про затвердження переліку об'єктів державної власності, що мають стратегічне значення для економіки і безпеки держави». 

Основними завданнями Управління є:

• реалізація державної політики щодо розвитку водного господарства та безперебійного цілорічного перекидання у маловодні регіони Дніпровської води з Каховського водосховища в Каховський магістральний канал;
• реалізація комплексних заходів з утримання каналу та всіх гідротехнічних споруд на ньому в належному стані з метою подачі технічної і питної води, а також на зрошування земель.

Унікальністю Головного Каховського магістрального каналу, на відміну від інших, є цілорічне заповнення водою з метою підтримання рівнів води для забезпечення робочих горизонтів у вегетаційний період для зрошення і питного водозабезпечення, в інші періоди (не поливні) – для питного водозабезпечення та технічних потреб населення Херсонської та Запорізької областей, і за певних умов АР Крим.